Το Γυμνάσιο ιδρύθηκε το 1981 αλλά στεγάζεται στο νέο του κτήριο από το 1993.
Με την Υπουργική Απόφαση: Αριθ. 29988/Δ4/14-03-2011 (ΦΕΚ Β 440/18-03-2011) με θέμα: «Συγχωνεύσεις Σχολικών Μονάδων Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης», το Γυμνάσιο Υδρούσας και το Γυμνάσιο Αμμοχωρίου συγχωνεύθηκαν στο Γυμνάσιο Αμμοχωρίου.
Ανήκει στη Διεύθυνση Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης Φλώρινας.